一般人提到白色恐怖的政治監獄，第一個聯想就是火燒島。其實位於新店的軍人監獄，也是戒嚴時期另一恐怖堡壘。以一九五○年代最具代表性的兩座「新」監獄：新生訓導處和新店軍監相比，前者是海邊的廣闊集中營，後者是山邊的封閉型監獄；前者對政治犯施以勞改和思想改造，後者施以長期幽禁；前者像南台灣的烈日海風，對政治犯進行身心的壓榨；後者像北台灣的濕冷冬雨，向政治犯籠上厚重的陰霾；前者剛而峻，後者陰而險。
三監所相連 仍超收人數
軍人監獄的全名是「國防部台灣軍人監獄」，這是在大中國的架構下設立的地方性軍人監獄（當時中國各省都有軍人監獄），有別於中央軍人監獄（設於南京），因此管理體制也是移植自中國，和新生訓導處鮮明的在地性格不同。這個源流可以為軍人監獄的封閉作風和高壓手段，提供一部分解釋。
台灣軍人監獄成立甚早，可能在戰後就有了。起初也不在新店，而是在台北市青島東路，和國防部軍法局看守所（青島東路一號）、台灣省保安司令部軍法處看守所（青島東路三號），都是就日治時代一棟陸軍倉庫分割改建而成，形成三所監獄緊密相連的景觀。一九五○年十月，國防部政治部主任蔣經國視察台灣各地監獄和看守所，同年十二月做了一份報告，其中關於軍監部分，形容為「非常擁擠，空氣不良，臭味頗大，陽光亦差」。關了九百三十五人，超過原定五百人收容量幾乎一倍；其中有一百一十一人是「叛亂犯」，佔總數九分之一，可知是以收容軍事犯為主，政治犯還不多。當時羈押政治犯的大本營在軍法處看守所，有「叛亂犯」八四八人。
政治犯激增 全台大移監
當時正值大逮捕期間，這三所監獄的人犯不斷增加，如何疏通是一大問題。一九五一年三月，參謀總長周至柔行文蔣介石，提到這三所監獄「通常禁押已、未決人犯一千六百名以上，尤以叛亂犯受毒甚深，其思想意志自非一時所能轉變；且愍不畏死，如遇敵機襲擊，恐其利用機會煽惑衝逃，一旦虎兕出柙，將有礙於市容觀瞻。為防患未然計，已飭台灣省保安司令部及台灣軍人監獄，將已經判決之叛亂犯一併移送綠島，交新生總隊代為執行。」
這段耐人尋味的話，可看出當局打從心裡害怕政治犯，他們知道政治犯不怕死，視他們為虎兕，想辦法予以隔離。這就是新生訓導處的緣起（前身為新生總隊），也促成一九五一年五月全台政治犯的大移監，軍監的叛亂犯也在這時全部清倉，只剩軍事犯。
然而政治犯還是不斷增加，不斷湧入軍監。約在一九五一或五二年，人滿為患的軍監也移到新店安坑，這裡比較偏僻，不會「妨礙市容觀瞻」；而且鄰近的荒野，不久也成了安坑刑場，在一九五○年代中葉以後取代馬場町。安坑舊名「暗坑」，當時雖已改名，但監獄和刑場仍使這個舊名的陰影揮之不去。如今安坑又改名為「安康」，但在舊時監獄和刑場一帶，依然是人煙寥落的鄉野景致。
幽禁慎獨室 恐怖的夢魘
新店軍人監獄佔地約七公頃，四周圍以紅磚高牆，牆內有仁、義、禮、智、信五棟鋼筋水泥監舍。政治犯比較集中在仁監、智監和信監（前兩監屬軍人監獄，信監撥做軍法看守所的安坑分所）。一份一九五五年一月針對軍監所做的調查報告指出，該監的容納量是一千八百人，卻關了二四一一人，包括八百七十多名政治犯。軍監內外有九處工場，監內工場有鐵工、翻砂、車床等，三百餘人參加作業。另有「慎獨室」十間（其實就是幽閉恐怖的獨居房）。全監有看守的有一○四人，另有一連警衛連，守衛七處碉堡。
根據政治犯們的描述，軍監非常擁擠，一個房間關三十幾人；光線昏暗，看書傷眼；供水嚴重不足，但因陰暗擁擠，木質地板年久月深，濕氣很重，關久風濕纏身。伙食差，與新生訓導處不能相比，這和獄方貪污揩油有關。
一九五三年以後，軍監進入了全盛期。當時政治犯在軍法處判決後，統一送到軍監服刑，再視情況留在軍監或送往綠島。綠島和軍監之間，也建立人犯的「雙向交流」：綠島人犯減少時，就從軍監補人過去，反之亦然。不過從綠島送來的人，有不少是要被懲罰的「頑劣分子」，比較幸運的送往軍監虐待，不幸的加判刑期甚至槍斃。
軍犯當打手 痛宰政治犯
對白色恐怖有專精研究的陳英泰先生，是一九五○年代的政治受難者，坐牢十二年，先後待過綠島和軍監，他認為軍監比綠島更為恐怖。原因之一是軍監的軍事犯和政治犯關在一起，獄方利用部分軍事犯管理政治犯，形成「沒有犯罪的人被犯重罪的人壓制與欺負」的現象。有些軍犯在獄中充當打手、抓耙仔，甚至配合獄方作案，把政治犯入罪槍決。
另一原因，則和監獄長楊又凡有關。陳英泰形容「他對政治犯好像有深仇大恨，一直把我們視為非置於死地不甘休的敵人看，且製造監獄屠殺案件屠殺手無寸鐵的政治犯達十四人之多。」楊又凡時常虐待人犯，手法殘忍；又貪污自肥，多行不義。不過他只因貪污罪被判八年半，虐待人犯則未被追究；至於作案屠囚，他還被獄方申請敘獎。楊又凡是中國傳統貪官酷吏的典型，他管理下的軍人監獄，如何無法無天可想而知。
所幸楊又凡在一九五五年被撤職查辦，政治犯稍微鬆了一口氣，但製造恐怖氣氛的其他來源｜保防官（軍隊政工）和告密文化是軍監的傳統，不因管理稍寬而解除。到了一九六一年，軍監的政治犯再次大清倉，智監全部數百人移送綠島，軍監的全盛時期從此畫下句點。
美其名山莊 關過大人物
軍監從此就不關政治犯嗎？不，應該說它開始挑政治犯來關，主要是身分特殊、刑期較長的人士，例如雷震、蘇東啟、立法委員馬乘風、湖口兵變主角趙志華，以及美麗島事件的黃信介、張俊宏等人，對外美名為「明德山莊」。也許因為關了這些「大人物」，軍監才比較為人所知；但一直到晚近幾年，軍監都籠罩著一層神秘面紗，它在白色恐怖時代（尤其是早期）的角色，除了政治犯外，識者不多。
二○○五年底，軍監裁撤，原址改為新店戒治所，煙毒犯取代政治犯和軍事犯而進住。時代變了，它還是關人，只是對象不同。遙想當年政治犯從軍監出獄，過了暗坑，來到碧潭，山明水秀，恍如重生。那座由高牆和七處碉堡守衛的黑色堡壘，那段虐囚殺囚的歷史，俱往矣。「暗坑過盡碧潭清」，台灣的人權之路也應復如是，碧潭到了，新店在望。